ロシア連邦のモスクワに在る。在アルメニア大使館、在グルジア大使館、在トルクメニスタン大使館、在ベラルーシ大使館を兼轄。領事部の管轄区域は、ロシア(在ウラジオストク、在サンクトペテルブルク、在ハバロフスク及び在ユジノサハリンスクの各日本国総領事館の管轄に属する地域を除く)。

ロシア連邦のウラジオストクに在る。管轄区域は、沿海地方、カムチャッカ州、マガダン州及びコリャーク自治管区。業務案内、ビジネス・観光情報・留学情報、日本国ビザの取得方法。

ロシア連邦のサンクトぺテルブルグに在る。管轄区域はレニングラード州。

ロシア連邦のハバロフスクに在る。管轄区域は、ブリヤート共和国、サハ共和国（ヤクーチヤ）、ハバロフスク地方、アムール州、イルクーツク州、チタ州、ユダヤ自治州及びアギン・ビリヤート自治管区。観光案内、ビザ、安全情報、交流事業、日本と極東ロシアとの関係。

ロシア連邦のユジノサハリンスクに在る。管轄区域はサハリン州。